Скорее всего, разных наценок не так много. Ну, 10 (платиновый партнер, серебряный и т.п.). Соответственно, создайте десяток типов цен с видом "Расчетный" или "Динамический" и задайте для них разный процент наценки. Для контрагента в договоре на вкладке "Дополнительно" выберите нужный тип цен.